与无机絮凝剂相比，合成有机高分子絮凝剂用量少，絮凝速度快，受共存盐类，介质PH及环境温度影响小，生成污泥量也少，而且有机高分子絮凝剂分子可带—COO,-NH-、SO3，-OH等亲电基团，可具链状、环状等多种结构，利于污染物进入絮体，脱色性好。一般有机絮凝剂的色度去除较无机絮凝剂高20%左右，目前应用较为广泛的是聚丙烯酰胺类。它能适应多种絮凝对象，用量少，效率高，生成的泥渣少，后处理容易。常与其它无机絮凝剂复配，如与氯化铝的复配使用。
但合成高分子絮凝剂其单体或水解、降解产物常常有毒，如聚丙烯酰胺的单体，有神经毒性和致畸、致癌、致突变的“三致”效应。
