循环冷却水中含有一定的氨，含氨主要是由于空气中含氨或氨换热设备汇漏而将氨带入冷水系统中的。水中含氨对人身体的危害是很大的，主要是由于硝化菌群能使氨氧化成亚硝酸根，而亚硝酸根为还原性物质，在通氯杀菌时，只有将亚硝酸根全部氧化为硝酸根之后，才有余氯出现，否则水中就根本不会有余氯，因而也就不能控制微生物。
        亚硝酸根转化为硝酸根，从理论上说细菌也会起一定作用，但主要是靠通氯来完成。水中亚硝酸根含量大于1mg/L时，通氯杀菌就开始产生困难，当亚硝酸根含量大于10mg/L时，困难就很大，往往出现氯的消耗高、余氯加不上、化学耗氧量）COD)增长、浊度上升、水变黑、系统粘泥量增加的情况、造成水质恶性循环。
        在这种情况下，非氧化性杀菌剂的效果就比氧化性杀菌剂的效果要好，选择非氧化性杀菌剂可以使水质恢复正常，亚硝酸根下降后再用氯杀菌。循环冷却水中要严格控制氨含量，一般认为水中氨含量>10mg/L时，就易造成微生物的危害。