1、氧化性杀菌剂与非氧化性杀菌剂品种不同。氧化性杀菌剂包括次氯酸钠、二氯异氰尿酸钠、三氯异氰尿酸钠、强氯精、优氯净、二氧化氯等；非氧化性杀菌剂包括1227杀菌剂、粘泥剥离剂、异噻唑啉、洁尔灭等。从名称上看，感觉带氯的都是氧化性杀菌剂，确实是这样的。
2、氧化性杀菌剂与非氧化性杀菌剂外观不同。氧化性杀菌剂一般都是固体粉状或者片状的，非氧化性杀菌剂一般都是液体的。
3、氧化性杀菌剂与非氧化性杀菌剂使用效果不同。氧化性杀菌剂对水中还原性物质具有氧化作用，当水中存在有机物、硫化氢、亚铁离子时，会消耗掉一部分氧化性杀生剂，降低它们的杀生效果。非氧化性杀菌灭藻剂不是以氧化作用杀死微生物，而是以致毒作用于微生物的特殊部位，因而，它不受水中还原物质的影响。
4、氧化性杀菌剂与非氧化性杀菌剂药效时间不同。氧化性杀菌剂具有杀菌灭藻速度快、杀生效果的广谱性高、处理费用低、对环境污染相对影响较小、微生物不易产生抗药性的优点。不足之处是受到水中的有机物和具有还原性物质的影响较大，药剂时间短，受水中的PH值影响也较大，同时，分散渗透和剥离效果差等。非氧化性杀菌灭藻剂的杀生作用有一定的持久性，对沉积物或黏泥有渗透、剥离作用，受硫化氢、氨等还原物质的影响较小，受水中PH值影响较小。但处理费用相对氧化性杀菌灭藻剂较高，容易引起环境污染，水中的微生物易产生抗药剂型。
氧化性杀菌剂与非氧化性杀菌剂存在一些不同之处，因此这两种杀菌剂要交替使用。交替使用，病菌对药物就不容易产生抗药性，杀菌效果会更好。
