杀菌灭藻剂具有灭藻的特点：灭藻剂与菌藻接触后，快速断开细菌和藻类蛋白质的键不可逆地抑制其生长、新陈代谢。从而导致微生物菌藻的死亡，故对常见细菌、真菌、藻类等具有很强的抑制和杀灭作用。杀生效率高，降解性好，具有不产生残留、操作安全、配伍性好、稳定性强、使用成本低等特点。杀灭藻类的同时并对对附着在管道壁上的生物粘泥有优异好的剥离效果。
      杀菌剂主要作用：
　①保护剂：杀菌剂在病原菌侵染之前喷施在植物体表面，起保护作用，即使病菌再来也侵染不了植物。如波尔多液、福美类和代森类及有机硫杀菌剂等。
　②治疗剂：杀菌剂在病原菌侵染植株以后施用，可以抑制病菌生长发育甚至致死，可以缓解植株受害程度甚至恢复健康。有经典治疗作用的农药杀菌剂是内吸剂，如多菌灵、三环唑、丙环唑、井冈霉素等均具有很强的内吸治疗作用。而甲霜灵和三乙膦酸铝这样的内吸杀菌剂具有向顶性与向基基双向内吸传导作用。发挥治疗作用特别优越。
　③铲除剂：杀菌剂直接接触植物病原并杀伤病菌使它们不能侵染植株。铲除剂因作用强烈，有的不能用在生长期的植株；石硫合剂药液浓度高时具有铲除作用，如在桃树萌芽前施药，可杀死枝干上的桃缩叶病菌。