反渗透杀菌剂是一种低毒、高效、广谱非氧化型快速杀菌防霉剂，能有效的杀灭并抑制水系统各处的细菌、真菌、藻类的生长，并能迅速的穿透附着在系统设备表面上的生物膜，对生物膜下的微生物进行有效的控制。具有用量低、水溶性好、对膜无污染、易降解等优点。不含硝酸盐和有机氯不含甲醛，无VOC，毒性低，是世界上公认的环境友好缓蚀型杀菌防腐剂。
在反渗透系统中，其杀菌剂一般分为两种：氧化型杀菌剂和非氧化型杀菌剂，在反渗透预处理中常规采用氧化型杀菌剂（次氯酸钠），但氧化型杀菌剂有氧化性对反渗透膜有一定的影响。一般情况下要求进反渗透膜的进水水质的余氯小于0.1ppm。正因如此，如果投加的是氧化型杀菌剂，反渗透系统中一定要使用吸附和亚硫酸氢钠进行吸附。
氧化型杀菌剂，一般是较强的氧化剂，利用它们所产生的次氯酸、原子态氧等，使微生物体内一些与代谢有密切关系的酶发生氧化作用而杀灭微生物。
常用的非氧化性杀菌灭藻剂有以下几种：双氯酚、二氧氰基甲烷、异噻唑啉酮、十二烷基苄基氯化铵（1227，苯扎氯铵、洁尔灭）、十二烷基二甲基苄基溴化铵（苯扎溴铵、新洁尔灭）等。
